本行寺は、明治18年（1885）頃より本願寺出張主任切上霊順が、一時俗家を借りて開教し、明治22年4月、現在地に教務所を創建し、明治31年5月、伊藤浄栄を開基として寺号を公称したことより始まる。同33年第一次本堂、庫裡建立、第2世曽田定が明治43年現聖徳太子堂を建立し、第3世菅原覚月が現本堂建立、第四世覚也が第二次庫裡、納骨堂を完成した。現住職は、昭和40（1965）年聖徳会館、同50年現庫裡を建立、同55年に現納骨堂を建立した。46年には門信徒会を結成し、教化態勢を備して現在に至る。また、明治41年（1908）1月21日から76日間、石川啄木が釧路新聞の記者として滞在中、本行寺内のかるた会に出席、そのゆかりで「歌留多寺」と呼ばれ、数々の名歌とエピソードが残っている。現住職は百人一首ならぬ「釧路啄木一人百首」を発案して木札のかるたを完成した。
