正保三年（1646年）、晧台寺重興開山、一庭融頓の開基。一庭禅師が光雲寺、永昌寺、高林寺を創建した三末寺の一つです。
高林寺は一庭融頓が長崎奉行の許可を得て、禅僧天宗融察と謀り、和蘭陀通詞名村・猪村両氏の援助もあり、玉園山（諏訪神社の地）の南麓に創建し、馬町、炉粕町、及び西山の檀徒をして当寺に付属した。
当寺は一庭融頓を開基と景仰し、天宗融察を第二代、寛文8年（1668年）全覚融子が第三代住持となったと記される。
初め炉粕町（現日本銀行長崎支店付近）に建てられたが、明治45年（1912年）に敷地を三菱長崎造船所に社宅用地として売り、晧台寺末庵の知足庵があった現在地に移転改築した。
